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計算機関係

更新終了しました( 2016/2/17) ここの情報は古いかもしれません。

計算機セットアップ、整備のログ †

lcgtest01
Grid用のテストマシン。ここでATLASに必要なテストを行う。

sirius
N研内部のATLASテスト用マシン。 lcgtest01と対をなし、/afs以下を似せて作ってある。
名前は「星の名前」シリーズ

guarneri
shiro
alto
soprano
CERNでの解析マシン

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N研で使うために †

ATLASのOffline解析の環境を整えるためのメモ

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N研ネットワークを個人PCから使う †

VPNを入れる
クライアントソフトがアップローダにあるのでインストールする。(Windowns用、Mac用１０．６以前)パスワードなどは聞いて。
プロキシ(192.168.5.33:3128)を設定すると論文も見ることができる。
プリンタドライバをインストールする。
ApeosPort-IV C4475ドライバをインストールする。インストールはプリンタのページを参照。VPN起動中のみ使用可能。
homeディレクトリをマウントする
nuheplネットワークに接続するときに「nuhepl\user」と共用計算機のパスワードを使用するとhomeディスクがマウントできる。 firewallの設定などを適切に行うことが必要なので少々面倒。 VPN起動中のみ使用可能。

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CERNで使うために †

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CERN 内での SLC マシンのセットアップ †

参考URL : http://linux.web.cern.ch/linux/scientific5/docs/install.shtml

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AFSアカウントを使うマシンの構築 †

SLC であれば useraddcern を使うことで構築できる。

useraddcern --login LOGINID

で LXPLUS と同様のパスワード、グループ、ログインシェル、ホームが使える。

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CVMFSのインストール †

2013年10月頃からAFSでなくCVMFSでGridやAthenaを使うことが推奨された。そのうちAFSでは利用できなくなる？
CERN global ネットワークに接続されているマシンに対しては簡単に導入でき、以下のインストラクションの通りにCVMFSをインストールすれば使える。
https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/AtlasComputing/Cvmfs21

レポジトリの追加とパッケージのインストール
利用しているシステムに対応するレポジトリを上記インストラクションの通りにインストールする。今回ンはsoprano(SLC5 64bit)にインストールするのでSL5に対応する。
```
soprano ~ % su -
[root@soprano ~]# rpm -Uvh http://cvmrepo.web.cern.ch/cvmrepo/yum/cvmfs/EL/5/`uname -i`/cvmfs-release-2-4.el5.noarch.rpm
[root@soprano ~]# yum install cvmfs cvmfs-init-scripts cvmfs-auto-setup
```

設定ファイルの作成
上記のTwiki、LXPLUSを手本にして以下の用に設定ファイルを作成した。気をつける部分はcacheフォルダの場所とそのquotaの設定を適切にすること。

[root@soprano ~]# cat /etc/cvmfs/default.local
CVMFS_REPOSITORIES=atlas.cern.ch,atlas-condb.cern.ch,atlas-nightlies.cern.ch,sft.cern.ch
CVMFS_CACHE_BASE='/var/lib/cvmfs'
CVMFS_QUOTA_LIMIT='20916'
CVMFS_HTTP_PROXY='http://ca-proxy.cern.ch:3128;http://lxbrb1413.cern.ch:3128|http://lxbrb1414.cern.ch:3128'
[root@soprano ~]# cat /etc/cvmfs/domain.d/cern.ch.local 
#  Change the order so that the nearest server is the first in the list ...
#  Note that port 8000 is preferred for the servers below but,  if it does not work, use port 80 instead.

# if you are in Europe (uncomment)
CVMFS_SERVER_URL="http://cvmfs-stratum-one.cern.ch:8000/opt/@org@;http://cernvmfs.gridpp.rl.ac.uk:8000/opt/@org@;http://cvmfs.racf.bnl.gov:8000/opt/@org@"

# if you are in North America (uncomment)
#CVMFS_SERVER_URL="http://cvmfs.racf.bnl.gov:8000/opt/@org@;http://cvmfs-stratum-one.cern.ch:8000/opt/@org@;http://cernvmfs.gridpp.rl.ac.uk:8000/opt/@org@"

サービスの立ち上げ
autofsが立ち上がっていればよいみたい。 defaultでインストールすればautofsサービスは立ち上がっているはず。
```
[root@soprano ~]# service autofs start
Starting automount: automount: program is already running.
                                                           [  OK  ]
```

cvmfs 領域のマウントと確認
最後にマウントされているか確認をする。設定したレポジトリに接続されていれば使えるはず。

[root@soprano ~]# cvmfs_config chksetup
OK
[root@soprano ~]# cvmfs_config probe
Probing /cvmfs/atlas.cern.ch... OK
Probing /cvmfs/atlas-condb.cern.ch... OK
Probing /cvmfs/atlas-nightlies.cern.ch... OK
Probing /cvmfs/sft.cern.ch... OK
[root@soprano ~]# cvmfs_config status
atlas.cern.ch mounted on /cvmfs/atlas.cern.ch with pid 31459
atlas-condb.cern.ch mounted on /cvmfs/atlas-condb.cern.ch with pid 32441
atlas-nightlies.cern.ch mounted on /cvmfs/atlas-nightlies.cern.ch with pid 1000
sft.cern.ch mounted on /cvmfs/sft.cern.ch with pid 1980
[root@soprano ~]# cvmfs_config stat -v

Running /usr/bin/cvmfs_config stat atlas.cern.ch: 
Version: 2.1.14.0
PID: 31459
Uptime: 0 minutes
Memory Usage: 20536k
File Catalog Revision: 3449 (expires in 59 minutes)
File Catalog ID: a189a55543065c2a1a3ce16f95431bbf5a7ff693
No. Active File Catalogs: 1
Cache Usage: 25615k / 21417985k
File Descriptor Usage: 0 / 65024
No. Open Directories: 0
No. IO Errors: 0
Connection: http://cvmfs-stratum-one.cern.ch:8000/opt/atlas through proxy http://ca-proxy.cern.ch:3128 (online)
Usage: 0 open() calls (hitrate n/a%), 3 opendir() calls
Transfer Statistics: 7601k read, avg. speed: n/ak/s

Running /usr/bin/cvmfs_config stat atlas-condb.cern.ch:
Version: 2.1.14.0
PID: 32441
Uptime: 0 minutes
Memory Usage: 20364k
File Catalog Revision: 852 (expires in 59 minutes)
File Catalog ID: a47ea32b8ec3f6276ae67e67bcd571e89fcf127b
No. Active File Catalogs: 1
Cache Usage: 25615k / 21417985k
File Descriptor Usage: 0 / 65024
No. Open Directories: 0
No. IO Errors: 0
Connection: http://cvmfs-stratum-one.cern.ch:8000/opt/atlas-condb through proxy http://ca-proxy.cern.ch:3128 (online)
Usage: 0 open() calls (hitrate n/a%), 3 opendir() calls
Transfer Statistics: 826k read, avg. speed: n/ak/s

Running /usr/bin/cvmfs_config stat atlas-nightlies.cern.ch:
Version: 2.1.14.0
PID: 1000
Uptime: 0 minutes
Memory Usage: 20372k
File Catalog Revision: 2435 (expires in 59 minutes)
File Catalog ID: 94f71eeba9f42cd6a2934197d0bf87ed6e6a61e7
No. Active File Catalogs: 1
Cache Usage: 25615k / 21417985k
File Descriptor Usage: 0 / 65024
No. Open Directories: 0
No. IO Errors: 0
Connection: http://cvmfs-atlas-nightlies.cern.ch/cvmfs/atlas-nightlies.cern.ch through proxy http://ca-proxy.cern.ch:3128 (online)
Usage: 0 open() calls (hitrate n/a%), 3 opendir() calls
Transfer Statistics: 4829k read, avg. speed: n/ak/s

Running /usr/bin/cvmfs_config stat sft.cern.ch:
Version: 2.1.14.0
PID: 1980
Uptime: 0 minutes
Memory Usage: 20344k
File Catalog Revision: 383 (expires in 59 minutes)
File Catalog ID: 0072656749eae7d629669e39c443694f3c3defc5
No. Active File Catalogs: 1
Cache Usage: 25615k / 21417985k
File Descriptor Usage: 0 / 65024
No. Open Directories: 0
No. IO Errors: 0
Connection: http://cvmfs-stratum-one.cern.ch:8000/opt/sft through proxy http://ca-proxy.cern.ch:3128 (online)
Usage: 0 open() calls (hitrate n/a%), 3 opendir() calls
Transfer Statistics: 5k read, avg. speed: n/ak/s

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CASTOR(CERN Advanced STORage manager) command †

rod local のデータはcastorに転送されてしまうのでここから拾ってくるれらのコマンドを使用

castor コマンド        unix コマンド
nsls                   ls
nsmkdir or rfmkdir     mkdir
nschmod                chmod
(rfcp                   cp)
rfdir (= nsls -l)      ls -l
rfrm (ファイル)        rm
rfrm -r (ディレクトリ) rm -r
rfrename               mv

2009/10/14からコピーには以下のコマンドを使用

xrdcp root://castoratlas//castor/cern.ch/grid/atlas/DAQ/muon/tgc/runNumber/134811.RodA01_00.run .

環境変数の設定をすると rfcp が使えるようになる様子

export STAGE_SVCCLASS=atlcal

ユーザーズガイド　http://castor.web.cern.ch/castor/ug/

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ファイル転送 †

scpを駆使してデータを拾ってくるかポートフォワードを使う。

まず二個 terminal を開いて
一個目の terminal で
```
ssh -N -L 22000:lxatut11:22 lxplus.cern.ch
```
を実行。ログインする。 (ログイン後、何も入力ができない状態になります。)
二個目の terminal で
```
scp -P 22000 wakajun@localhost:~/.bashrc ./
```
を実行。lxatut 上の disk のファイルをとってこれます。または、
```
sftp -oPort=22000 wakajun@localhost
```
でもOK。
また、rsyncを使うときは以下のようにする。
```
rsync -avz -e 'ssh -p 22000' localhost:server_dir client_dir
```

簡単な解説

ssh -N -L 22000:lxatut11:22 lxplus.cern.ch

-N option はターミナルに入力を禁止するオプション。-L はポート転送を行うことをあらわすオプション。 lxplus.cern.ch を踏み台に使って、 local host の 22000 のポートと、 lxatut11 の 22のポートをつなぐ。 (22 ssh 用の port) ポートを指定して、 scp を行う。 localhost の 22000 番のポートにつなぐということは、 lxplus.cern.ch を経由して、 lxatut11 のポートにつなぐということ。

↑

VNC Viewer †

Real VNC
本家のVNCを受け継いでいる。 Linux、Mac版もある。
Ultra VNC
Windows特化のVNC Viewer。 x64のバイナリがある。

↑

ログインサーバ †

lxplus にログインするとほかのマシンにもログインできる。-Y オプションで GUI も使える。(何故か -X はダメ)

ssh -Y lxplus.cern.ch

これを経由してlxatut、atlasgw、tgcjpc、guarneriにログインする。スクラッチディスクが

/tmp/wakajun

にあるのでファイルの移動の際にはここを使う。ただし、オートマウントなので

ssh lxplusXXX.cern.ch XXX:数字3ケタ

で指定する必要あり。

↑

lxatut †

東大の計算機群、基本的にCERNのlxplusと同様に使えるが、homeが少し大きめで使いやすい。 quotaコマンドがうまく働かないのでduコマンドで容量を常に監視するようにする。
ログインは

ssh -Y lxatut01

lxatutの後に数字を指定する必要あり。

↑

LXPLUSのログインシェルを変更する †

普通のシステムなら"chsh"コマンドをすれば良いが、LXPLUSでは使えない。 https://espace.cern.ch/it-faqs/Lists/faqs/DispForm.aspx?ID=7

CRA tool を使うようにする。https://cra.cern.ch

↑

プリンタ †

KEK部屋にPhaser 8560が設置されているのでこれが利用できる。詳しくはプリンタのページ。

↑

Skypeを使う †

CERNではP2Pの使用が厳しい。そのため、Skypeのポートを切り替える必要がある。以下のように『ポートを50123に指定し、アップデートを常にせよ』とのこと。

* software configured to use port 50123
* supernode functionality disabled
* no local firewall exceptions for Skype
* Skype security patches kept updated

設定の参考になるページ https://espace.cern.ch/it-ff/Lists/Facts%20%20FAQs/DispForm.aspx?ID=74

↑

CERNのwebサーバを使う †

NICEアカウントが必要になる。 AFS 上のフォルダ、DFS (アップローダのようなもの)、Collaboration のワークスペース、Java site などの形式が選べる。今回は簡単のために DFS を選択した。手順は以下の通り。

まず、http://webservices.web.cern.ch/webservices/ にアクセスして「Create new site」を選択する。
「Site category」の欄は「Personal homepage」を選択すると自動的に必要項目が埋められる。
「Site type」のところで「DFS」を選択する。
「I have read and agreed to the CERN Computing Rules」のチェックボックスにチェックをいれ、「create new site」ボタンをクリックする。

これでサイト自体はできたが、外からは見られない。外から見られるようにするには以下の事をやる必要がある。

同様にhttp://webservices.web.cern.ch/webservices/ から「Web site configuration」を選択する。
「Allow content to be accessed from the web」にチェックを入れると外から見える。

↑

その他 †

↑

xtermでのキー操作の確認と設定 †

% stty -a

のようにすると現在の設定が表示される。
.login (csh/tcsh),.bash_profile (bash), .zshenv (zsh)に設定することでログインするとこのキーが有効になる。

stty erase '^H' stop undef

のように記述する。

↑

削除をBSキーに割り当てる †

% stty erase ^H

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ターミナルのstopを使わない †

emacsの癖でたまにCntrl-sをxtermで使ってしまい、stopしてしまうので誤動作防止の為にこの操作を受け付けないようにする。

% stty stop undef

↑

LinuxでWide Displayを使う †

Xorg.confに書き加える必要がある。以下のページを参照 http://www.komoto.org/etc/wuxga.html
周波数の設定がミソらしい。

xorg.conf を自動で生成してくれるらしい。 root になってから以下のコマンドを実行する。

# Xorg -configure

これで /root のフォルダに /xorg.conf.new ができる。指示にしたがってテスト

# X -config /root/xorg.conf.new

マウスカーソルが正しく表示されたらこれでOK。終了するときは Ctrl-Alt-Backspace で戻れる。
次に xorg.conf.new を /etc/X11 にコピーする。一応前の xorg.conf は取っておくべき。
最後に startx でちゃんと X が走るか確かめる。

参考ページ http://www.gentoo.org/doc/ja/xorg-config.xml

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計算機セットアップ、整備のログ †

N研で使うために †

ATLASソフトウェアのインストール †

ATLASソフトウェアのセットアップ †

ATLASソフトウェアのメンテナンス †

2011年計算機更新ATLAS関係メモ †

N研ネットワークを個人PCから使う †

CERNで使うために †

CERN 内での SLC マシンのセットアップ †

AFSアカウントを使うマシンの構築 †

CVMFSのインストール †

CASTOR(CERN Advanced STORage manager) command †

ファイル転送 †

VNC Viewer †

ログインサーバ †

lxatut †

LXPLUSのログインシェルを変更する †

プリンタ †

Skypeを使う †

CERNのwebサーバを使う †

その他 †

xtermでのキー操作の確認と設定 †

削除をBSキーに割り当てる †

ターミナルのstopを使わない †

LinuxでWide Displayを使う †

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