2011年計算機更新ATLAS関係メモ のバックアップ(No.10)

SLC 関係 †

SLC のインストールの際に CERN のレポジトリで何が導入されるか比較する。
とりあえず

http://linuxsoft.cern.ch/cern/slc5X/x86_64/yum/os/repoview/
http://linuxsoft.cern.ch/cern/slc5X/x86_64/yum/updates/repoview/
http://linuxsoft.cern.ch/cern/slc5X/x86_64/yum/extras/repoview/

あたりを入れておくと問題ない

http://linuxsoft.cern.ch/ 、http://linux.web.cern.ch/linux/updates/slc5.shtml参照

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GWサーバ †

GWサーバには /afs/cern.ch をマウントさせる。 この際に接続先の IP を調べておく。 また、kerberos の設定はここを参照
afs 接続先サーバ

afskrb5m.cern.ch
afsdb1.cern.ch
afsdb2.cern.ch
afsdb3.cern.ch

11/29にテスト済み
そのままではkinitにpathが通っていないので以下のdirectryにpathを通しておく

/usr/sue/bin
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インストールパッケージ †

ATLAS 関係でインストールしてもらいたいパッケージは以下

SUN java
subversion
cvs
python
ROOT

Ahetena で必要な物

http://linuxsoft.cern.ch/cern/slc5X/i386/SL
http://linuxsoft.cern.ch/cern/slc5X/i386/updates/RPMS/

   * compat-glibc
   * compat-glibc-headers
   * compat-libf2c-34
   * compat-libgcc-296
   * compat-libstdc++-296
   * compat-libstdc++-33
   * compat-readline43
   * lapack-3.0-37.el5
   * libgfortran-4.1.2
   * ghostscript-8.15.2 (brings ps2pdf needed by perfmon.py)
   * libXpm-3.5.5
   * glibc-devel-2.5 (if you get gnu/stubs-32.h: No such file or directory during compilation.)
   * giflib (for TBrowser etc)
   * compat-openldap (dq2-get / lcg-cp will not work without libldap-2.2.so.7) NEEDED on SLC5 32bit as well
   * openssl097a-0.9.7a-9.el5_2.1
   * openssl-0.9.8e-12.el5_4.1
   * compat-db-4.2.52-5.1
   * libxml2-devel-2.6.26-2.1.2.8 (needed for GoodRunsLists to compile)
   * libaio-0.3.106-3.2 (needed for oracle 11 client, which will come with LCG58a)

ライブラリディスクに置いておく物(これは自分たちで管理を行う)

gcc43
Athetna
DQ2 tool
Grid UI
panda

これらのインストール場所は/afs/cern.ch/ 以下と同じディレクトリ構造にする。

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導入パッケージ †

パッケージの導入の際にはwgetなどを使用するためにproxyの設定を行っておく。

export http_proxy='http://192.168.6.41:3128/'
export https_proxy='http://192.168.6.41:3128/'
export ftp_proxy='http://192.168.6.41:3128/'

GWサーバでは指定しなくても良かった。

パッケージの導入は"atlas"アカウントになり行う。 また、パッケージのパスは以下のようにする。

NGYROOT=/home/nbl/atlas

以下に個別のパッケージのインストール方法、場所を記述する。

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pacman †

インストールpath

${NGYROOT}/atlas/software/pacman/

tar で導入

mkdir -p atlas/software/pacman
cd atlas/software/pacman
wget wget http://atlas.bu.edu/~youssef/pacman/sample_cache/tarballs/pacman-latest.tar.gz
tar zxvf pacman-latest.tar.gz
ln -s pacman-x.xx pacman-latest
cd pacman-latest
source setup.sh
cd ../
pacman -lc am-CERN
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athena †

インストールpath

${NGYROOT}/atlas/software/releases/1X.X.X

pacman で導入
まず、上のようにpacmanをセットアップする。

mkdir -p atlas/software/releases/1X.X.X
cd atlas/software/releases/1X.X.X
pacman -allow tar-overwrite -get am-CERN:1X.X.X

ここではCERNのキャッシュを持ってきているが、BNLの方が早い。 また、非公式ではあるがiceppでも独自にキャッシュを持っている。

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AtlasProduction,AtlasPhysisc releaseの導入 †

16.6.5.1のように4桁のreleaseの導入は親になるreleaseの導入後、athenaをセットアップし導入する。 まず、新しいシェルを立ち上げてから設定を始める。

souce setup-16.sh 16.6.5
cd ~/atlas/software/pacman/pacman-latest
souce setup.sh
cd ../
pacman -lc am-CERN
cd ~/atlas/software/releases/16.6.5
pacman -allow tar-overwrite -get am-CERN:AtlasProduction16.6.5.1
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gcc43 †

インストールpath

${NGYROOT}/sw/lcg/contrib/gcc/

pacmanで導入

mkdir -p /sw/lcg/contrib/gcc/
pacman am-CERN:gcc43-x86_64-slc5-opt
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glight-UI tool †

インストールpath

${NGYROOT}/project/gd/LCG-share/X.X.X-X/

tarで導入
リリースは以下のページを参照
http://grid-deployment.web.cern.ch/grid-deployment/download/relocatable/glite-UI/SL5_x86_64/

mkdir -p project/gd/LCG-share/3.2.8-0
cd project/gd/LCG-share/3.2.8-0
wget http://grid-deployment.web.cern.ch/grid-deployment/download/relocatable/glite-UI/SL5_x86_64/glite-UI-3.2.8-0.sl5-external.tar.gz
wget http://grid-deployment.web.cern.ch/grid-deployment/download/relocatable/glite-UI/SL5_x86_64/glite-UI-3.2.8-0.sl5.tar.gz
tar zxvf glite-UI-3.2.8-0.sl5.tar.gz
tar zxvf glite-UI-3.2.8-0.sl5-external.tar.gz
mkdir -p external/etc/grid-security/certificates

次に、site-info.defを以下の内容のように作る。 iceppの下にぶら下がるように設定する。 新しいバージョンをインストールする際にはINSTALL_ROOTを変更する事を忘れないようにする。

INSTALL_ROOT=/home/nbl/atlas/project/gd/LCG-share/3.2.8-0
GLITE_EXTERNAL_ROOT=${INSTALL_ROOT}/external
GRID_ENV_LOCATION=${GLITE_EXTERNAL_ROOT}/etc/profile.d

RB_HOST=lcg-rb01.icepp.jp
WMS_HOST=lcg-wms01.icepp.jp
PX_HOST=lcg-px01.icepp.jp
BDII_HOST=lcg-bdii01.icepp.jp
MON_HOST=lcg-mon01.icepp.jp
LB_HOST=lcg-wms01.icepp.jp
REG_HOST=lcgic01.gridpp.rl.ac.uk

CA_REPOSITORY="rpm http://linuxsoft.cern.ch/ LCG-CAs/current production"
FUNCTIONS_DIR=${INSTALL_ROOT}/glite/yaim/functions
GLOBUS_TCP_PORT_RANGE="20000,25000"

JAVA_LOCATION=/usr/java/jdk1.5.0_22

VOS="atlas"
VO_ATLAS_VOMS_SERVERS='vomss://voms.cern.ch:8443/voms/atlas?/atlas/'
VO_ATLAS_VOMSES="'atlas lcg-voms.cern.ch 15001 \
  /DC=ch/DC=cern/OU=computers/CN=lcg-voms.cern.ch atlas 24' \
  'atlas voms.cern.ch 15001 \
  /DC=ch/DC=cern/OU=computers/CN=voms.cern.ch atlas 24'"
VO_ATLAS_VOMS_CA_DN="'/DC=ch/DC=cern/CN=CERN Trusted Certification Authority' '/DC=ch/DC=cern/CN=CERN Trusted Certification Authority'"

X509_CERT_DIR=${INSTALL_ROOT}/external/etc/grid-security/certificates
SITE_NAME=NAGOYA

最後にyaim installをして完了

./glite/yaim/bin/yaim -c -s site-info.def -n UI_TAR

/etc/hosts にhostnameとドメインが書いてないとこれに失敗する。

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DQ2 tool †

インストールpath

&{NGYROOT}/atlas/offline/external/GRID/ddm/DQ2Clients/x.x.x

pacmanで導入

pacman -trust-all-caches -allow tar-overwrite -get http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/DATABASE/project/ddm/releases/pacman/cache:DQ2Clients
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panda-client †

インストールpath

${NGYROOT}/atlas/offline/external/GRID/DA/panda-client/x.x.x

tarで導入
参考url:https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/PandaTools

mkdir -p atlas/offline/external/GRID/DA/panda-client
wget https://twiki.cern.ch/twiki/pub/Atlas/PandaTools/panda-client-0.2.8.tar.gz
tar xvfz panda-client-0.2.8
mv panda-client-0.2.8 0.2.8
python setup.py install --prefix=/home/nbl/atlas/atlas/offline/external/GRID/DA/panda-client/0.2.8

グリッドジョブを投げるときにカレントバージョンより新しいバージョンがあれば警告が出る。

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メンテナンス情報 †

以下のページを読んでメンテナンスを行う。

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ROOTを使う †

ROOTの展開場所は以下。

/home/nbl/rootpkgs/

ここから自分が使いたいバージョンを指定してパスを通す。 ただし、gcc4.3 系を使う場合には gcc4.3 にパスを通すことを忘れないように。 gcc4.3 のパスは以下

/home/nbl/atlas/sw/lcg/contrib/gcc

ここの setup.sh もしくは setup.csh を source しておく

計算機関係