#contents //#contents *CERN-N研間の計算機構築log [#saf09381] **とりあえずやること [#e3436d44] 検証することは以下のこと +AFS cliant が正しく動作すること。&color(red){済}; +Athena が動作すること &color(red){済}; +NFS サーバにする <-- これはやらない +Grid に job を投げられるか。 **マシンスペック [#ad4edd8a] CPU:Xeon 5410 @2.33GHz Dual Core RAM:2GB HDD:160GB 64bitマシン *SLC5 のインストール [#hbce42d5] **準備 [#e2480ae4] ISO image を DVD に焼く。 ISOLinux が入ってるので boot disk を用意擦る必要がない。&br; 今回は SLC 5.3 x86_64bit を用意した。(2010/1/5 5.4にアップデート確認) **ネットワーク関係の設定 [#me45d543] 2つのイーサネットポートが見つかるが、片方で良いはず。 eth0にネットワークケーブルが刺さっている？&br; 設定は以下の内容 hostname.domainname:lcgtest01.hepl.phys.nagoya-u.ac.jp IP Adress:202.13.193.132/255.255.255.0 Gateway:202.13.193.14 DNS:202.13.193.34 **その他 [#a1e670a3] GURB、serverGUI その他のソフトウェアもいれた。&br; インストール時間はおよそ１６０分程度かかる。&br; インストールした時のログー> [[install log:http://www.hepl.phys.nagoya-u.ac.jp/~wakajun.nagoya/etc/lcgtest01/install.log]] **ユーザー [#hb2766ab] ユーザーの追加、削除、パスワードの設定は useradd username 追加 userdel username 削除 passwd username パスワード設定 で設定できる。&br; ユーザー自身でパスワードを設定するときには passwd で変えられる。 今までのパスワードが必要になる。 **yumアップデート [#c823a192] yum update をすると dbus において Transaction Check Error で弾かれる。 以下ログ Tracsaction Check Error file /etc/dbus-1/system.conf from install of dbus-1.1.2-12.el5.i386 conflicts with file from package dbus-1.1.2-12.el5.x86_64 32bit用のパッケージと64bit用のパッケージが競合？？ dbus 含めないでアップデート yum update --exclude=dbus* 依存するパッケージをinstallしてから、rpmパッケージをダウンロードしてきてから手動でインストール yum install expat rpm -Uvh --force yum update めでたく Error が出なくなった。(2010/1/5 どうやら画面出力関係でアップデートできなくなっていたらしい。無理やりアップデートさせたので、Xが立ち上がらなくなった。まあいいか...) *OpenAFSのインストール [#w2cc92f1] なんかインストールされていた。。。サービスも起動していたし。。。&br; install の際に default で入るらしい。 **Kerberosの設定 [#s4d86bec] LXPLUSの /etc/krb5.conf をコピーしてくる。 それが終わったら以下のコマンドを実行 kinit -5 username@CERN.CH /afs/user/ の自分のフォルダ内が読み書きできる。他の人はダメみたい。&br; klist をやってみて ticket がいつまで有効か確かめてみる。 Ticket cache: FILE:/tmp/krb5cc_500_5F99ut Default principal: wakajun@CERN.CH Valid starting Expires Service principal 10/28/10 12:47:29 10/29/10 13:47:29 krbtgt/CERN.CH@CERN.CH renew until 11/02/10 11:47:29 10/28/10 12:47:33 10/29/10 13:47:29 afs@CERN.CH renew until 11/02/10 11:47:29 Kerberos 4 ticket cache: /tmp/tkt500 klist: You have no tickets cached 参考URL : http://linux.web.cern.ch/linux/docs/kerberos-access.shtml *ATHENA [#q2d31439] 奥村さんの[[wiki:http://www.hepl.phys.nagoya-u.ac.jp/~okumura.nagoya/wiki/pukiwiki-1.4.7_notb/index.php?lcgtest01%20%A4%F2%BB%C8%A4%C3%A4%C6%A4%DF%A4%EB]]を参考にする。&br; CMT、SVN の設定をしなければならない。とりあえず /afs 以下にあるファイルで動くらしい。非常に遅く、使用に耐えない。(何をするにも数分待たされる。) 参考 &ref(.bashrc); &ref(requirements); **HelloWorld [#td8b73d5] https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/WorkBookRunAthenaHelloWorld<--ここを参考に source setup.sh -tag=AtlasProduction,15.5.1 を実行してから cd ../run get_files HelloWorldOptions.py athena.py HelloWorldOptions.py とする。&br; 4分程度がかかるが、放置。 すると以下のようなメッセージが出る。 HelloWorld INFO/WERNING/ERROR/FATAL 〜 がでれば良いのかな？&br; よく解らん。 ... HelloWorld INFO initialize() HelloWorld INFO MyInt = 42 HelloWorld INFO MyBool = 1 HelloWorld INFO MyDouble = 3.14159 HelloWorld INFO MyStringVec[0] = Welcome HelloWorld INFO MyStringVec[1] = to HelloWorld INFO MyStringVec[2] = Athena HelloWorld INFO MyStringVec[3] = Framework HelloWorld INFO MyStringVec[4] = Tutorial ... AthenaEventLoopMgr INFO ===>>> start of run 0 <<<=== AthenaEventLoopMgr INFO ===>>> start of event 1 <<<=== ... HelloWorld INFO execute() HelloWorld INFO An INFO message HelloWorld WARNING A WARNING message HelloWorld ERROR An ERROR message HelloWorld FATAL A FATAL error message ... **Pacman install [#r19ba67c] Athena をローカルにインストールするために必要らしい。&br; このページを参考にしてインストール&br; https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view/Atlas/WorkBookInstallingAtlasSoftware Pacmanのパッケージをダウンロードする。ファイルは pacman-latest.tar.gz wget http://atlas.bu.edu/~youssef/pacman/sample_cache/tarballs/pacman-latest.tar.gz ここで ATLAS, CMT setup scripts を source していないクリーンシェルを用意する。 tar zxvf pacman-latest.tar.gz cd pacman-x.xx x.xx はバージョン。&br; source setup.sh cd .. pacman -lc am-CERN Download 可能なパッケージが表示される。 **ATLASRelease install [#l3eca5e1] SLC5.4 x86_64 なので SLC5 64bit のパッケージをインストールする。具体的には x86_64_gcc43_slc5 のパッケージ。 mkdir atlas/ cd atlas/ その後インストールを行う。 pacman -get KV:gcc432_x86_64_slc5 pacman -allow trust-all-caches tar-overwrite -get am-CERN:AtlasProduction_15_5_1_x86_64_slc5_gcc43_opt かなり時間がかかるが、ひたすら我慢。数GB程度ディスクを使うので注意。&br; Pythia の部分で激しく WARNING:Untarring tarball [...] will overwire [...] が出る。。何故か上書きしているらしい。大丈夫か？&br; ファイル一覧(atlas/) CMT/ trusted.caches pacman/ AtlasSettings/ AtlasLogin/ sw/ DBRelease/ atlas/ project/ usr/ LCGCMT/ Gaudi/ AtlasCore/ AtlasConditions/ AtlasEvent/ AtlasReconstruction/ AtlasTrigger/ AtlasAnalysis/ geant4/ external/ AtlasSimulation/ AtlasProduction/ cmtsite/ AtlasOffline/ KV-15.5.1/ setup.sh setup.csh o..pacman..o/ いくつか足りないが・・・ source setup.sh pacman -get am-CERN:KV-15.5.1 とりあえずこれをやってみる。 About to execute: ./KitValidation/*/share/KitValidation -r 15.5.1 -p /home/wakajun/atlas -kng -t /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp --bw --project AtlasProduction --disable AthenaPoolTest.kvt,AthenaPoolNavigation.kvt,AthenaPoolCaloCluster.kvt,AthenaPool ElementLinks.kvt,InDetDetDescrExample.kvt,Pythia_i.kvt,RecExCommon.kvt,RecExToES D.kvt,ESDtoAOD.kvt,DC3,DC3PyJT AtlasLogin: Configuration problem - CMTCONFIG (i686-slc4-gcc34-opt) not available for /home/wakajun/atlas/AtlasProduction/15.5.1 Cannot parse conf file ./KitValidation/KitValidation/share/../templates/template.kvt Cannot parse conf file /home/wakajun/atlas/AtlasAnalysis/15.5.1/InstallArea/share/PhysValJet_TestConfiguration.xml Cannot parse conf file /home/wakajun/atlas/AtlasTrigger/15.5.1/InstallArea/share/TrigTauPerformAthena_TestConfiguration.xml ############################################################ ## Atlas Distribution Kit Validation Suite ## ## 19-09-2009 v1.9.23-1 ## ## ## ## Alessandro De Salvo <Alessandro.DeSalvo@roma1.infn.it> ## ############################################################ Testing AtlasProduction 15.5.1 -------- Problem report ------- [TRF_ATHENACRASH:62600] AthenaCrash ================================ Athena Hello World [FAILED][ERR= 2] MooSegmentMakerAlgs compilation [FAILED][ERR= 2] /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp Z -> e e jet Generation [FAILED][ERR= 1] /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp DB Release consistency check [ OK ] /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp Z -> e e jet Simulation [FAILED][ERR= 1] /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp Z -> e e jet Digitization [FAILED][ERR= 1] /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp Z -> e e jet Reconstruction [FAILED][ERR= 1] ################################################## ## AtlasProduction 15.5.1 Validation [FAILED] ################################################## Package [/home/wakajun/atlas:am-CERN:Diagnostics:http://atlas-computing.web.cern.ch/atlas-computing/links/monolith/whole/Diagnostics:KV-15.5.1] not [installed]: Shell command [./KitValidation/*/share/KitValidation -r 15.5.1 -p /home/wakajun/atlas -kng -t /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp --bw --project AtlasProduction --disable AthenaPoolTest.kvt,AthenaPoolNavigation.kvt,AthenaPoolCaloCluster.kvt,AthenaPoolElementLinks.kvt,InDetDetDescrExample.kvt,Pythia_i.kvt,RecExCommon.kvt,RecExToESD.kvt,ESDtoAOD.kvt,DC3,DC3PyJT] returns with an error code. 失敗したorz slc4 32bit 用の gcc34 が必要らしい？ とりあえず http://linuxsoft.cern.ch/cern/slc5X/i386/SL/ から以下を持ってくる。 compat-gcc-34-3.4.6-4.i386.rpm compat-gcc-34-c++-3.4.6-4.i386.rpm compat-libf2c-34-3.4.6-4.i386.rpm compat-gcc-34-g77-3.4.6-4.i386.rpm compat-glibc-headers-2.3.4-2.26.i386.rpm compat-glibc-2.3.4-2.26.i386.rpm compat-libgcc-296-2.96-138.i386.rpm compat-libstdc++-296-2.96-138.i386.rpm compat-libstdc++-33-3.2.3-61.i386.rpm compat-readline43-4.3-3.i386.rpm compat-db-4.2.52-5.1.i386.rpm (lapack-3.0-37.el5.i386.rpm) libXpm-3.5.5-3.i386.rpm openssl097a-0.9.7a-9.el5_2.1.i386.rpm この順番にインストールする。ただし、lapack は依存関係で yum install lapack をやった。 これでもダメ **ATLAS Release reinstall [#qebd60d3] 上の方法では上手くいかないので、もう一度 http://www.icepp.s.u-tokyo.ac.jp/~sakamoto/work/Pukiwiki/pukiwiki.php?AthenaEnvironmentを参考にやった。 pacman -get KV:gcc432_x86_64_slc5 pacman -allow trust-all-caches tar-overwrite -get am-CERN:AtlasProduction_15_5_1_x86_64_slc5_gcc43_opt までは同じ。&br; gccのバージョンを変更する。 sourse atlas/slc5/gcc43/setup.sh これと ~/atlas/ の setup.sh を source する。 ***CMTの準備 [#ff0708af] requirements ファイルを作り以下を書き込む。 set CMTSITE STANDALONE set SITEROOT /home/wakajun/atlas macro ATLAS_TEST_AREA ${HOME}/cmthome macro ATLAS_DIST_AREA ${SITEROOT} apply_tag projectArea macro SITE_PROJECT_AREA ${SITEROOT} macro EXTERNAL_PROJECT_AREA ${SITEROOT} apply_tag opt apply_tag setup # athena実行時の環境設定も行う apply_tag simpleTest # ATLAS_TEST_AREA以下にリリース番号でサブディレクトリーを作ります。 use AtlasLogin AtlasLogin-* $(ATLAS_DIST_AREA) # Atlas Release独自の環境設定をしてくれるパッケージです。 set CMTCONFIG x86_64-slc5-gcc43-opt 配置場所は ~/cmthome 次に以下を実行 source ~/atlas/CMT/v1r20p20090520/mgr/setup.sh これでCMTのパスが通る。which コマンドで確かめる。&br; コンフィギュア cmt config これで setup.sh などができる。 次回以降はこの setup.sh を実行すれば良い。 source setup.sh -tag=AtlasProduction,15.5.1 これで standalon の状態で athena が走るハズ。 ***HelloWorld [#j9ae7ca2] HelloWorld のスクリプトをダウンロードする。 get_files -jo HelloWorldOptions.py athena のパスが通っている事を確認して以下を実行する。 athena HelloWorldOptions.py 実行すると HelloWorld INFO/WERNING/ERROR/FATAL 〜 とかメッセージが出るハズ。 HelloWorld INFO initialize() HelloWorld INFO MyInt = 42 HelloWorld INFO MyBool = 1 HelloWorld INFO MyDouble = 3.14159 HelloWorld INFO MyStringVec[0] = Welcome HelloWorld INFO MyStringVec[1] = to HelloWorld INFO MyStringVec[2] = Athena HelloWorld INFO MyStringVec[3] = Framework HelloWorld INFO MyStringVec[4] = Tutorial ... AthenaEventLoopMgr INFO ===>>> start of run 0 <<<=== ... AthenaEventLoopMgr INFO ===>>> start processing event #1, run #0 0 events processed so far <<<=== HelloWorld INFO execute() HelloWorld INFO An INFO message HelloWorld WARNING A WARNING message HelloWorld ERROR An ERROR message HelloWorld FATAL A FATAL error message ... Py:Athena INFO leaving with code 0: "successful run" と走った。めでたい。(今日はクリスマスイブだった。) **追記 [#e15691b7] 上記ではgcc4.3とathenaを一緒のフォルダにインストールしていた。 そのため、セットアップスクリプトが上書きされgcc4.3が上手くいかない。 ユーザーローカルにインストールする際にはフォルダ構成を ${HOME}/atlas/release/15.6.1 ${HOME}/atlas/atlas-gcc ${HOME}/atlas/pacman/pacman-3.29 などにしておかねばならない。&br; そしてcmthomeも以下のフォルダを作ってrequirementsを作る。 ついでに、testareaも別にする場合は別にフォルダを作る。 ${HOME}/cmthome/15.6.1 ${HOME}/testarea/15.6.1 requirementsの内容は以下の通り set CMTSITE STANDALONE set SITEROOT /home/wakajun/atlas/release/15.6.1 macro ATLAS_TEST_AREA ${HOME}/testarea macro ATLAS_DIST_AREA ${SITEROOT} apply_tag setup apply_tag simpleTest use AtlasLogin AtlasLogin-* $(ATLAS_DIST_AREA) set CMTCONFIG x86_64-slc5-gcc43-opt **kit install [#d0c3f3a1] ちなみに pacman -get am-CERN:KV-15.5.1 をやってみると /tmp/fileZvI0lw: line 270: 4SUITEROOT=/home/wakajun/atlas/LCGCMT/LCGCMT_/4suite: No such file or directory /tmp/fileZvI0lw: line 270: export: `4SUITEROOT': not a valid identifier /tmp/fileZvI0lw: line 271: 4SUITECONFIG=x86_64-slc5-gcc43-opt: command n /tmp/fileZvI0lw: line 271: export: `4SUITECONFIG': not a valid identifie Cannot parse conf file ./KitValidation/KitValidation/share/../templates/ Cannot parse conf file /home/wakajun/atlas/AtlasAnalysis/15.5.1/InstallA et_TestConfiguration.xml Cannot parse conf file /home/wakajun/atlas/AtlasTrigger/15.5.1/InstallArrformAthena_TestConfiguration.xml ############################################################ ## Atlas Distribution Kit Validation Suite ## ## 19-09-2009 v1.9.23-1 ## ## ## ## Alessandro De Salvo <Alessandro.DeSalvo@roma1.infn.it> ## ############################################################ Testing AtlasProduction 15.5.1 Athena Hello World [ OK ] MooSegmentMakerAlgs compilation [ OK ] /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp Z -> e e jet Generation [FAILED][ERR= 99] /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp DB Release consistency check [ OK ] /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp Z -> e e jet Simulation [FAILED][ERR= 40] /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp Z -> e e jet Digitization [FAILED][ERR= 40] /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp Z -> e e jet Reconstruction [FAILED][ERR= 40] ################################################## ## AtlasProduction 15.5.1 Validation [FAILED] ################################################## Package [/home/wakajun/atlas:am-CERN:Diagnostics:http://atlas- computing.computing/links/monolith/whole/Diagnostics:KV-15.5.1] not [installed]: Shell command [./KitValidation/*/share/KitValidation -r 15.5.1 -las -kng -t /home/wakajun/atlas/KV-15.5.1/tmp --bw --project AtlasProducenaPoolTest.kvt,AthenaPoolNavigation.kvt,AthenaPoolCaloCluster.kvt,Athenkvt,InDetDetDescrExample.kvt,Pythia_i.kvt,RecExCommon.kvt,RecExToESD.kvtDC3PyJT] returns with an error code. となってダメorz&br; どうやったものか？ **ATHENA更新 [#n197ea71] まずpacmanにPATHをとおしてから pacman -lc am-BNL でリストをアップデートする。 その後インストールしたいリリースのディレクトリを作ってインストール. mkdir 15.6.8 cd 15.6.8 pacman -allow trunst-all-caches tar-overwrite -get am-CERN:AtlasProduction_15_6_8_x86_64_slc5_gcc43_opt *DQ2Clientのインストール [#v2e95993] まずrootになってから以下のフォルダ以下にバージョンのフォルダを作る /DQ2Client/0.1.3x pacmanのセットアップをしてから今作ったフォルダにいく。 その後以下のコマンドを実行。 pacman -trust-all-caches -allow tar-overwrite -get http://atlas.web.cern.ch/Atlas/GROUPS/DATABASE/project/ddm/releases/pacman/cache:DQ2Clients これでインストールができる。 またバージョンが変わるとセットアップスクリプトを変えねばならないので、/DQ2Clients/latest/に setup.sh のリンクを張ってこれを見に行く。 *gcc43 の場所 [#d90992b3] afsではいかのディレクトリに置かれている。 /afs/cern.ch/sw/lcg/contrib/gcc/4.3.2/x86_64-slc5-gcc43-opt *USB disk をマウントする [#u0b24927] ユーザーが書き込みを行うには fstab に以下の様に書くべし /dev/sdb1 /mnt/usbdisk auto rw,auto,users 0 0